螺旋藻含有苯丙氨酸，對于有代謝性毛病的苯丙酮尿癥病患來說，由于他們的身體不能代謝這種氨基酸，應避免進食含螺旋藻的食物，以免苯丙氨酸在腦內(nèi)積累，造成損害。而且，藍藻生物皆含有神經(jīng)毒素BMAA（β-N-methylamino-L-alanine），BMAA已證實會對動物產(chǎn)生強烈的毒性，加速動物腦神經(jīng)退化、四肢肌肉萎縮等等，小量BMAA積累已能選擇性殺死從老鼠的神經(jīng)元。這些物質(zhì)，在螺旋藻的生產(chǎn)中，一旦加工出現(xiàn)問題，就會有殘留，危害健康。